Der Director's Cut nutzt auf komfortable Weise die Möglichkeiten des Wii U[tm] GamePads und bietet dem Spieler die Möglichkeit über den Touch-Screen zu Hacken, die interaktive Karte zu editieren, Scharfschützen-Fähigkeiten zu nutzen, Granaten zurückzuwerfen und viele weitere Verbesserungen des Neuralen Hubs einzusetzen. Die Mission "Tongs Rettung" und das komplette "Missing Link"-Kapitel wurden vollständig in die Handlung des Director's Cut integriert. Des Weiteren wurden an DEUS EX: HUMAN REVOLUTION zahlreiche Detailanpassungen vorgenommen und etwa die Bosskämpfe umfangreich überarbeitet, die Spielbalance und das Kampfsystem optimiert und KI und Grafik stark verbessert, wodurch diese Edition das bisher grafisch beeindruckendste und mitreißendste Deus-Ex-Erlebnis bietet.
